یکی از مهم‌ترین فاکتورها در بهره‌برداری موفق از سپتیک تانک، طراحی درست و مطابق با ظرفیت واقعی پروژه است. مهم‌ترین نکاتی که باید در طراحی سپتیک تانک رعایت شود عبارتند از:

حجم مخزن:

حجم باید طوری طراحی شود که فاضلاب برای ۲۴ تا ۴۸ ساعت در مخزن بماند. این زمان برای ته‌نشینی ذرات جامد و تخمیر بیولوژیکی کافی است. حجم مخزن معمولاً بر اساس جمعیت معادل یا تعداد پرسنل ضرب در میزان مصرف فاضلاب روزانه محاسبه می‌شود.

تعداد بخش‌ها:

سپتیک تانک‌ها معمولاً یک‌، دو‌ یا سه‌بخشی طراحی می‌شوند. هر بخش عملکرد خاصی دارد؛ مثلاً مرحله اول برای ته‌نشینی، مرحله دوم برای تخمیر و سوم برای تثبیت و خروج پساب شفاف‌تر.

جنس مخزن:

بسته به نوع پروژه، سطح آب زیرزمینی، بودجه و شرایط نگهداری، می‌توان از مخازن بتنی، پلی‌اتیلنی یا فایبرگلاس استفاده کرد. مخازن پلی‌اتیلن دوجداره برای نصب سریع و مقاومت در برابر خوردگی گزینه‌ی بسیار مناسبی برای پروژه‌های صنعتی هستند.

تهویه و دسترسی:

وجود دریچه‌های بازدید و تهویه مناسب برای جلوگیری از تجمع گازهای متان و سولفید هیدروژن (که هم خطرناک‌اند و هم بوی نامطبوع ایجاد می‌کنند) ضروری است.

لوله‌کشی و شیب:

ورودی و خروجی فاضلاب باید دارای شیب مناسب باشد (معمولاً ۲٪) تا جریان ثقلی به‌درستی برقرار باشد و از برگشت فاضلاب یا گرفتگی جلوگیری شود.