بهره‌برداری بهینه تصفیه‌خانه نیازمند درک دقیق فرآیندهای مختلف تصفیه است. مراحل اصلی شامل:

۲.۱ پیش‌تصفیه (Pre-Treatment)

• حذف جامدات بزرگ و شن، چربی و روغن‌های شناور

• استفاده از آشغال‌گیر مکانیکی یا دستی

• تصفیه اولیه با ته‌نشینی برای کاهش بار BOD و COD

۲.۲ تصفیه بیولوژیکی

• استفاده از سیستم‌های لجن فعال (Activated Sludge)، MBR یا MBBR

• کنترل دما، pH و اکسیژن محلول برای فعالیت میکروبی

• نظارت روزانه بر پارامترهای DO، NH4، NO3، BOD و COD

۲.۳ گندزدایی و ضدعفونی

• استفاده از کلر، ازن یا UV

• حذف میکروب‌های پاتوژن و ویروس‌ها

• کنترل دقیق دوز مواد ضدعفونی‌کننده برای جلوگیری از اثرات محیطی

۲.۴ مدیریت لجن

• لجن تولیدی باید به شکل بهداشتی ذخیره و دفع شود

• در ایران معمولاً با استفاده از پریس لجن و دفن بهداشتی یا خشک‌کردن در سایت بیمارستان انجام می‌شود

• نگهداری لجن بیش از حد مجاز می‌تواند باعث بو و آلودگی شود

۲.۵ پایش و کنترل کیفیت

• استفاده از سنسورها و نمونه‌گیری روزانه

• ثبت پارامترها و مقایسه با استانداردهای خروجی

• تنظیم فرآیندهای بیولوژیکی و شیمیایی براساس داده‌ها